在深圳地区，如果EDI（电子数据交换）被拒绝，可按以下步骤处理：

了解拒绝原因

1. 联系相关部门：首先与发出拒绝通知的机构取得联系，比如深圳市市场监督管理局或其他涉及审批EDI业务的主管部门。通过电话、邮件或政务服务窗口咨询，明确指出拒绝的具体事由。例如，可能是提交的材料不完整、不符合格式要求，或是业务内容存在问题等。

2. 仔细研读通知文件：认真查看拒绝通知中所提及的法规条款和政策依据，理解为什么申请没有通过审核。这有助于准确把握问题所在，为后续整改提供方向。

针对性整改

1. 材料问题

• 补充缺失材料：如果是因为部分材料遗漏，按照要求尽快准备并提交。例如，若缺少公司营业执照副本复印件，则需提供清晰、有效的副本复印件，并确保加盖公章。

• 修正材料格式：对于格式不符合要求的材料，如文档字体、排版、文件类型错误等，严格依照规定重新调整。比如，要求以 PDF 格式提交的申请书，将原有的 Word 格式转换为正确格式后再次提交。

2. 业务内容问题

• 合规性调整：要是业务内容不符合相关法律法规或政策要求，对业务模式、经营范围等进行相应修改。例如，EDI 许可证主要针对在线数据处理与交易处理业务，如果超出许可范围经营特定行业（如金融、医疗等特殊领域），需要调整业务方向或另行申请相关资质。

• 重新梳理业务流程：检查业务流程是否存在漏洞或不规范之处，进行优化和完善，确保符合 EDI 申请标准。例如，完善在线交易平台的数据安全保障措施、用户信息保护机制等。

重新提交申请

1. 准备申请文件：将整改后的所有材料进行整理，确保齐全、准确且符合格式要求。同时，附上一份详细说明，阐述针对之前拒绝原因所做的整改措施及结果。

2. 选择合适的提交方式：根据主管部门的规定，可通过线上政务服务平台上传资料，或者前往指定的办事窗口现场递交申请文件。注意在提交过程中，确认申请信息无误，避免因操作失误导致再次出现问题。

跟进审核进度

1. 定期查询状态：利用政务服务平台提供的查询功能，或者拨打咨询电话，定期了解申请的审核进展情况。一般来说，相关部门会在一定时间内给出审核结果。

2. 保持沟通渠道畅通：确保在申请过程中预留的联系方式准确有效，以便主管部门在审核过程中有疑问时能够及时与你取得联系。积极配合相关部门的询问和调查，提供必要的补充信息。

如果在处理过程中遇到复杂问题或对相关政策法规理解存在困难，也可以考虑咨询专业的商务服务机构或法律顾问，获取更具针对性的指导和帮助。