如果申请宗教类公众号许可证失败，可以参考以下建议来处理：

1. 了解失败原因：宗教事务部门作出不予批准决定时，会书面通知申请人并说明理由。仔细研读通知内容，明确是申请材料不齐全、不符合要求，还是申请人主体资格不符，亦或是其他如信息审核人员、管理制度等方面存在问题。

2. 补充或修正材料：如果是申请材料方面的问题，按照宗教事务部门的要求，及时补充缺失的材料或对错误、不完善的材料进行修正。例如，若宗教信息审核人员的相关材料不符合要求，需重新准备符合条件的审核人员材料，包括其参加宗教政策法规和相关宗教知识教育培训的证明、具备审核能力的详细说明等。

3. 完善相关条件：若是因为申请人主体条件、信息审核人员、管理制度、场所设施资金等方面不符合规定，需要针对性地进行改进和完善。比如，完善互联网宗教信息服务管理制度、信息安全管理制度，加强技术保障措施；或者补充资金证明材料，说明资金来源和用途等，以满足与服务相匹配的要求。

4. 重新提交申请：在按照要求完成所有整改和补充工作后，再次向所在地省、自治区、直辖市人民政府宗教事务部门提交申请。重新提交申请时，要确保申请材料齐全、规范，且符合所有法定条件。同时，要注意申请流程和时间要求，避免逾期或出现其他失误。

5. 寻求专业咨询：如果对申请流程、条件以及失败原因仍有疑问，可以咨询当地宗教事务部门的工作人员，获取准确的指导和建议。也可以向有经验的法律专业人士、宗教团体或已经成功获得许可证的组织请教，了解他们的经验和做法，以便更好地准备申请材料和完善相关条件。

6. 考虑行政复议或法律途径（如有必要）：如果申请人认为宗教事务部门的不予批准决定存在错误或不合理之处，在符合法定条件下，可以依据相关法律法规申请行政复议，要求上级行政机关对该决定进行审查和纠正。若行政复议仍无法解决问题，还可以考虑通过法律诉讼的方式，维护自己的合法权益，但需谨慎评估法律风险和成本。