在进行增值电信业务EDI许可证年检时，如果有外资股东，需特别注意以下几点：

1. 外资比例限制 ：外资股东的比例不得超过49%，这是硬性要求，否则将影响年检结果。

2. 提交额外材料 ：可能需要提交与外资股东相关的额外材料，比如外资股东的背景说明、持股比例证明等。这一点在年检材料清单中虽未明确列出，但在实际操作中非常重要。

3. 变更手续优先 ：如在过去一年中增加了外资股东，需首先确认并完成经营许可证的变更手续，然后再进行年检。未按规定完成变更将直接影响年检结果。

4. 披露要求 ：可能需要披露更多关于外资股东的细节，如持股比例、股东所在国家等，以便监管部门审核外资股东是否符合相关法规要求。

5. 合规性审查 ：加强对外资股东的合规性审查，确保其符合中国法律法规要求，特别是在电信行业外资准入方面。

综上所述，在年检时需特别关注外资股东的比例限制和相关变更手续的完备性，同时做好充分的披露和材料准备工作，以确保顺利通过年检。